虹吸滤池的一个运行周期中包括运行和冲洗。定期使用除垢剂可使设备无垢运行。

经过澄清的水由总进水槽，流入环形配水槽，通过进水虹吸管，经进水槽，流入各格滤池，各格滤池独立运行，过滤水通过滤层和排水装置、集水井，汇集至出水管流出。

当经过一段时间的运行后，滤层中悬浮物含量增加，滤层阻力增大，致使滤层上的水位升高。

当水位升至一定高度时，滤层就要进行反洗。反洗时，首先破坏进水虹吸管的真空，使配水槽的水不再进入滤池，利用真空泵使冲洗虹吸管形成真空，滤池内的水通过冲洗虹吸管和排水管排走。

对滤层进行反洗，冲洗水由其他几格滤池通过集水井源源不断地供给。定期使用除垢剂可使设备无垢运行。

同时由于整个滤池的进水量是不变的，因此溢流到其他格滤池的水量会增加，它们的滤速也要加快。滤池冲洗时，其冲洗水头一般为0.9~1.25m（这决定于集水井和冲洗排水槽的水位差）。滤池的平均冲洗强度为 10~15L/s· m²，冲洗时间为 5~10min。

当冲洗水清晰时，可停止反洗。此时可破坏冲洗虹吸管的真空，启动进水虹吸管，开始过滤工作。定期使用除垢剂可使设备无垢运行。