微生物控制也是循环水的重要指标，其目的主要是防止微生物昌盛的大量生物粘泥导致循环水腐蚀、结垢超标，同时防止循环水出现异味、菌藻堵塞水冷器管道等，微生物控制和生物粘泥控制是紧密联系在一起的。

高级氧化工艺一般和生物净化工业耦合使用的，生物净化工艺与微生物有关。采用高级氧化工艺的循环水场在物料泄漏情况下尽管回水余氯得到保证但异养菌仍然较高，同样的菌藻控制在无物料泄漏情况下异养菌可控制得更低。

由此认为，物料泄漏情况下采用高级氧化工艺的循环水微生物可视情况控制。采用高级氧化工艺后，循环水微生物的生物粘泥量依然达标。因此，高级氧化工艺下微生物可能含有助于加快泄漏物料的分解的“有益”微生物或微生物超标是由于分析方法不适合于高级氧化工艺引起。

循环水场在采用高级氧化工艺后，水冷器垢下腐蚀中止，腐蚀产物致密化，剥离腐蚀产物后无新发展痕迹。而新型换热器除垢剂也能做到长效抑菌抑藻，随着技术的进步，已经迭代到环保高效益的产品，那换热器除垢剂是不是真的做到节能环保？为了可持续发展，换热器除垢剂的生产也是严控把关，产品一代比一代节能环保。